Bộ phim Em và Trịnh kể về cuộc đời nhạc sĩ Trịnh Công Sơn, trải dài suốt 3 thập kỷ từ 1960 - 1990. Vì toàn bộ chuyện phim đều diễn ra trong quá khứ nên không thể tận dụng nhiều bối cảnh hiện đại sẵn có. Vượt ra bên ngoài khung cửa sổ nhỏ nhắn của những ngôi nhà nhuốm màu thời gian - là Huế những năm 1960 đầy biến động, là B’lao quanh năm hiu quạnh, là Sài Gòn thập niên 1990 đang chuyển mình theo thời đại mới.
Em và Trịnh bấm máy vào tháng 11/2020 tại Huế, ngay sau trận bão lũ lịch sử tháng Mười và giữa cơn bão số 13 hoành hành với gió giật kèm mưa nặng hạt. Đó là những ngày cực kỳ gian nan của toàn bộ đoàn phim, khi phải phục dựng bối cảnh Huế những năm 1960 trong thời tiết vô cùng khắc nghiệt.
Một bối cảnh đặc biệt trong phim là trường sơ học Bảo An, nơi Trịnh Công Sơn có thời gian dạy học ở B’lao. Nhà sản xuất phim đã dựng lại toàn bộ ngôi trường này trên một ngọn đồi ở Tà Năng. Ê kíp phải di chuyển bằng xe công nông lên đồi từ sáng sớm, làm việc trong môi trường khắc nghiệt, hoàn toàn không có sóng điện thoại.
Ngay trước ngày bấm máy 5 ngày, trường học mà ê kíp dựng lên đã bị bão giật sập và kế hoạch quay phải dời lại một tháng. Dẫu vậy, đạo diễn Phan Gia Nhật Linh và giám đốc mỹ thuật Hà Đỗ đều cảm thấy khó khăn này “rất là đáng” khi nhìn lại những thước phim đẹp như mơ trên phim.
Tương đồng với sự đầu tư của bối cảnh, khâu phục trang cũng là một yếu tố quan trọng để đưa khán giả ngược về quá khứ. Phụ trách thiết kế phục trang - nhà thiết kế Thuỷ Nguyễn, nhà sáng lập Thuỷ Design House cho biết: “Chưa có nhân vật nam nào lại nhiều phục trang như Trịnh Công Sơn”. Cùng một nhân vật mà có tới hai dòng thời gian – thanh niên và trung niên, và mỗi dòng thời gian lại đòi hỏi một số lượng thiết kế đáng kể.