Quy chế quy định học viên chương trình định hướng nghiên cứu phải hoàn thành luận văn; học viên chương trình định hướng ứng dụng phải hoàn thành học phần tốt nghiệp được thể hiện bởi một đề án, hoặc đồ án, hoặc dự án.
Người hướng dẫn phải có trình độ Tiến sĩ trở lên, chuyên môn phù hợp với ngành đào tạo và đề tài luận văn của học viên. Một trong hai người hướng dẫn phải là giảng viên cơ hữu của cơ sở đào tạo. Tại một thời điểm, một người hướng dẫn tối đa 5 học viên.
Những quy định trên đảm bảo tính đồng bộ với quy định về chuẩn chương trình đào tạo đã được Bộ GD - ĐT ban hành.
Đối với luận văn, đề án, cơ sở đào tạo quy định, hướng dẫn về nội dung chuyên môn, cấu trúc, hình thức và bảo đảm liêm chính học thuật. Trong đó, phải tăng cường liêm chính học thuật; giám sát và kiểm soát việc chống sao chép; xây dựng chế tài, nghiêm túc xử lý khi có vi phạm; bảo đảm tính trung thực của nội dung luận văn, đề án và chuyên đề nghiên cứu khác.
Nhằm nâng cao chất lượng, cũng như để xã hội và các bên liên quan cùng giám sát, Quy chế yêu cầu, sau khi bảo vệ thành công, toàn văn luận văn, báo cáo đề án (đã được chỉnh sửa, bổ sung theo yêu cầu của hội đồng nếu có) phải được lưu trữ tại thư viện của CSĐT và công bố trên trang thông tin điện tử của cơ sở đào tạo trong ít nhất 30 ngày.
Chuẩn đầu ra ngoại ngữ ở trình độ thạc sĩ thực hiện theo Khung trình độ quốc gia Việt Nam. Học viên phải đạt trình độ ngoại ngữ Bậc 4 theo Khung năng lực ngoại ngữ 6 bậc dùng cho Việt Nam, thể hiện bằng các minh chứng như văn bằng, chứng chỉ ngoại ngữ.
Quy định này nhằm khắc phục một số bất cập trong thực tế, như một số CSĐT tự đánh giá chưa nghiêm túc; chưa đảm bảo yêu cầu về đề thi, tiêu chuẩn cho giám khảo và quy trình tổ chức thi; từ đó có thể tổ chức đánh giá đúng về chuẩn đầu ra năng lực ngoại ngữ của học viên.