Theo Quyết định thành lập, trường ĐH Y Dược có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng; thực hiện tự chủ theo quy định của Chính phủ; chịu sử quản lý trực tiếp của ĐHQG Hà Nội, quản lý Nhà nước về giáo dục đại học của Bộ GD - ĐT và quản lý về lãnh thổ của UBND TP. Hà Nội.
Việc Thủ tướng Chính phủ ký quyết định thành lập trường ĐH Y Dược là hiện thực hóa truyền thống đào tạo Y Dược của ĐH Đông Dương – đơn vị tiền thân của ĐHQG Hà Nội và cũng là những bước hoàn thiện mô hình đại học đa ngành, đa lĩnh vực phù hợp với xu thế chung của các cơ sở giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới.
Sinh viên nhận bằng tốt nghiệp hệ chính quy của Khoa Y Dược, nay là trường ĐH Y Dược (ĐHQG Hà Nội). Theo GS. TS. Thầy thuốc Nhân dân Lê Ngọc Thành – Chủ nhiệm Khoa Y Dược, nay là trường ĐH Y Dược (ĐHQG Hà Nội): "Việc thành lập trường ĐH Y Dược trên cơ sở nâng cấp Khoa Y Dược là phù hợp chủ trương của Đảng và Nhà nước, phù hợp với xu hướng các cơ sở giáo dục đại học tiên tiến trên thế giới, phù hợp với chủ trương xây dựng và hoàn thiện cơ cấu đa ngành, đa lĩnh vực của ĐHQG Hà Nội, góp phần phát triển và hoàn thiện hệ thống y tế quốc gia; đào tạo đội ngũ cán bộ khoa học y - dược, quản lý y tế chất lượng cao, góp phần vào sự nghiệp bảo vệ và chăm sóc khỏe nhân dân và góp phần tạo hiệu quả trong công cuộc xây dựng và phát triển ĐHQG Hà Nội nói riêng và phát triển kinh tế - xã hội nói chung".
Khác với các trường đào tạo Y Dược khác, trường ĐH Y Dược (ĐHQG Hà Nội) là một tổ hợp đào tạo, nghiên cứu và dịch vụ sức khỏe hoàn chỉnh, được xây dựng và hoạt động trên cơ sở kết hợp khoa học và công nghệ y dược hiện đại với thế mạnh của khoa học cơ bản và công nghệ của các trường đại học thành viên ĐHQG Hà Nội, đáp ứng yêu cầu cấp thiết hiện nay về nhu cầu nguồn nhân lực có trình độ cao phục vụ cho sự nghiệp chăm sóc, bảo vệ và nâng cao sức khoẻ nhân dân.
Trường ĐH Y Dược và Bệnh viện ĐHQG Hà Nội có quy mô 1.000 giường sẽ được xây dựng mới tại Hòa Lạc, với tổng diện tích 25 ha. Đặc biệt, sau khi được thành lập, trường sẽ đáp ứng mô hình đại học định hướng nghiên cứu, đa ngành, đa lĩnh vực, có tính tự chủ cao của ĐHQG Hà Nội.
Lộ trình và Quy mô đào tạo của trường ĐH Y Dược được xác định dựa trên nhu cầu của xã hội và các điều kiện đảm bảo chất lượng đào tạo (đội ngũ cán bộ, giảng viên, hệ thống cơ sở vật chất, trang thiết bị, học liệu, các điều kiện phục vụ đào tạo khác và đặc biệt là các bệnh viện thực hành, các công ty dược phẩm…).
Theo đó, đến năm 2030, trường ĐH Y Dược sẽ tổ chức đào tạo 16 ngành đào tạo đại học, 16 chuyên ngành thạc sĩ, 16 chuyên ngành tiến sĩ và 16 chuyên ngành nội trú, với dự kiến quy mô đào tạo khoảng 4.300 sinh viên đại học chính quy; khoảng 400 học viên cao học và nghiên cứu sinh; khoảng 600 bác sĩ nội trú và chuyên khoa. Tỷ lệ học viên sau đại học/sinh viên đạt 22,9% (2025) và năm 28% (2030).
