Theo đó, mức học phí chính thức năm học 2020 - 2021 các ngành đào tạo đại học với sinh viên trúng tuyển nhập học năm 2020 bậc đại học các ngành dao động từ 38 - 70 triệu đồng/năm học 10 tháng. Mức này đúng với học phí dự kiến trường đã công bố trong đề án tuyển sinh trước đó.
Cụ thể, học phí ngành cao nhất là Răng Hàm Mặt với mức học phí 70 triệu đồng/năm, tiếp đến là ngành Y khoa 68 triệu đồng/năm. Ngành Phục hình răng, học phí 55 triệu đồng/năm, ngành Dược học 50 triệu đồng/năm, các ngành của khoa Điều dưỡng - Kỹ thuật Y học 40 triệu đồng/năm. Các ngành còn lại 38 triệu đồng/năm gồm: Y học cổ truyền, Y học dự phòng, Dinh dưỡng, Y tế công cộng.
Điểm mới trong quyết định này là việc công bố học phí chính thức các ngành đào tạo sau đại học. Theo đó, học phí đào tạo thạc sĩ, bác sĩ nội trú, bác sĩ chuyên khoa I cao nhất là 50 triệu đồng/năm 10 tháng, gồm: Y khoa, Răng Hàm Mặt, Dược học. Tiếp đến, học phí ngành Y học cổ truyền, các ngành của khoa Điều dưỡng - Kỹ thuật y học thu 40 triệu đồng/năm và các ngành khoa Y tế công cộng 35 triệu đồng/năm.
Các ngành đào tạo tiến sĩ, bác sĩ chuyên khoa II học phí cao nhất 60 triệu đồng/năm gồm: Y khoa, Răng hàm mặt, Dược học. Tiếp đến là Y học cổ truyền, các ngành thuộc khoa Điều dưỡng - Kỹ thuật y học 48 triệu đồng/năm và các ngành khoa Y tế công cộng 42 triệu đồng/năm.
Trước đó, dư luận từng xôn xao với thông tin, học phí trường ĐH Y Dược TP. HCM sẽ tăng cao nhất gấp 5 lần so với những khoá trước, lên mức 30 - 70 triệu đồng/năm, tùy từng ngành.
Theo PGS. TS Trần Diệp Tuấn, Hiệu trưởng trường ĐH Y Dược TP. HCM, căn cứ để trường xây dựng mức học phí là dựa trên Luật Giáo dục đại học sửa đổi, Nghị định 99, Thông tư số 14. Mức học phí dựa trên chi phí cần thiết để đào tạo sinh viên, cốt lõi là đảm bảo được chất lượng đào tạo. Tuy nhiên, hiện học phí này vẫn chưa tính đúng tính đủ, kể cả với mức học phí dự kiến mà mọi người cho rằng cao thì thực tế trường vẫn phải bù lỗ cho người học.