Cụ thể, giai đoạn đến năm 2021, Đề án phấn đấu giảm tối thiểu 10% đơn vị sự nghiệp công lập; giảm tối thiểu 10% biên chế sự nghiệp hưởng lương từ ngân sách nhà nước so với năm 2015. Phấn đấu có 10% đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính, giảm bình quân 10% chi trực tiếp từ ngân sách nhà nước cho các đơn vị sự nghiệp công lập so với giai đoạn 2011 - 2015.
Giai đoạn 2022 - 2025, tiếp tục giảm tối thiểu 10% đơn vị sự nghiệp công lập và 10% biên chế sự nghiệp hưởng lương từ ngân sách nhà nước so với năm 2021. Phấn đấu có tối thiểu 20% đơn vị sự nghiệp công lập tự chủ tài chính. Tiếp tục giảm bình quân 10% chi trực tiếp từ ngân sách nhà nước cho đơn vị sự nghiệp công lập so với giai đoạn 2016 - 2020.
Giai đoạn 2026 - 2030, tiếp tục thực hiện việc giảm đầu mối, phấn đấu chỉ còn các đơn vị sự nghiệp công lập phục vụ nhiệm vụ chính trị, phục vụ quản lý nhà nước và các đơn vị cung ứng các dịch vụ sự nghiệp công cơ bản, thiết yếu. Giảm 10% biên chế sự nghiệp hưởng lương từ ngân sách nhà nước so với năm 2025. Giảm bình quân 15% chi trực tiếp từ ngân sách nhà nước cho các đơn vị sự nghiệp công lập so với giai đoạn 2021 - 2025.
Giai đoạn 2022 - 2025, tổ chức lại Trường Cán bộ quản lý giáo dục TP. HCM thành Phân hiệu của Học viện Quản lý giáo dục tại TP. HCM.Đề án nêu rõ sắp xếp, tổ chức lại các cơ sở giáo dục đại học và các trường sư phạm theo Quy hoạch mạng lưới cơ sở giáo dục đại học và sư phạm. Giai đoạn 2021 - 2023, chuyển các trường: Dự bị Đại học Dân tộc Trung ương, Dự bị Đại học Dân tộc Sầm Sơn, Dự bị Đại học Dân tộc Nha Trang, Dự bị Đại học TP. HCM, Hữu Nghị T78, Hữu Nghị 80, Phổ thông vùng cao Việt Bắc về trực thuộc Ủy ban Dân tộc.
Giai đoạn 2022 - 2025, giữ nguyên Viện Khoa học Giáo dục Việt Nam là đơn vị sự nghiệp trực thuộc, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ GD - ĐT; giữ nguyên Viện Nghiên cứu cao cấp về Toán trực thuộc Bộ GD - ĐT; nghiên cứu chuyển Viện Nghiên cứu Thiết kế trường học thành công ty cổ phần theo quy định của pháp luật. Giữ nguyên Báo Giáo dục và Thời đại, Tạp chí Giáo dục là đơn vị sự nghiệp trực thuộc, phục vụ chức năng quản lý nhà nước của Bộ GD - ĐT.
