Theo các phương tiện truyền thông Nhật Bản, trong đó có đài NHK, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản đã phát đi "Cảnh báo động đất khẩn cấp" vào khoảng 12h40 trưa ngày 16/10 (giờ địa phương), áp dụng cho một khu vực rộng lớn, bao gồm Tokyo và vùng Kanto.
Cơ quan Khí tượng Nhật Bản đã phát đi cảnh báo khẩn cấp qua điện thoại di động, thông báo về một trận động đất xảy ra tại quần đảo Kuril và kêu gọi người dân đề phòng các rung chấn mạnh.
Đài NHK cũng lập tức chuyển sang chương trình đưa tin đặc biệt về động đất, cảnh báo rằng, các rung chấn mạnh có thể ảnh hưởng đến nhiều khu vực, bao gồm Niigata, vùng Kanto và quần đảo Izu.
"Cảnh báo Động đất Khẩn cấp" kèm theo âm thanh báo động sẽ được gửi đến điện thoại di động và các thiết bị khác bất cứ khi nào cường độ địa chấn dự kiến đạt mức 5-lower (theo thang đo của Cơ quan Khí tượng Nhật Bản (JMA) là mức độ rung lắc mà hơn 50% số người trong nhà cảm thấy sợ hãi và muốn vịn vào đồ vật) trở lên, hoặc khi cấp độ dao động mặt đất chu kỳ dài đạt mức 3 trở lên.
Thông thường, các rung chấn sẽ được cảm nhận chỉ vài giây sau khi cảnh báo động đất được đưa ra. Tuy nhiên, trong trường hợp này, không có rung chấn đáng kể nào được ghi nhận tại Tokyo. Cuối cùng, tám phút sau khi cảnh báo được phát đi, vào lúc 12h48, Cơ quan Khí tượng Nhật Bản thông báo "hủy bỏ cảnh báo động đất khẩn cấp", vốn đã được ban hành trước đó, vào lúc 12h40.
Trên thực tế, trận động đất xảy ra gần bán đảo Kamchatka của Nga. Theo Cơ quan Khảo sát Địa chất Hoa Kỳ (USGS), một trận động đất có cường độ 6,9 độ Richter đã xảy ra vào khoảng 12h35, tại vị trí cách thành phố Petropavlovsk-Kamchatsky khoảng 148km về phía Tây Nam. Tâm chấn nằm ở độ sâu khoảng 160km. Tại Nhật Bản, chỉ ghi nhận một rung chấn rất nhẹ đạt cấp độ 1 theo thang cường độ địa chấn tại thành phố Hakodate, Hokkaido. Cơ quan chức năng xác định không có nguy cơ xảy ra sóng thần.
Cơ quan Khí tượng Nhật Bản đã tổ chức một cuộc họp báo vào lúc 2h chiều cùng ngày (giờ địa phương). Tại đây, các quan chức đã cúi đầu xin lỗi và phát biểu: "Chúng tôi chân thành xin lỗi vì những bất tiện lớn đã gây ra. Chúng tôi vô cùng hối tiếc".
Họ giải thích thêm: "Chúng tôi hiện đang điều tra nguyên nhân tại sao cường độ địa chấn dự báo lại cao hơn so với thực tế xảy ra", đồng thời khẳng định rằng, sự việc này không xuất phát từ các cuộc tấn công mạng hay các vấn đề tương tự.