Mở đầu cuốn tiểu thuyết đưa đến những nét sơ phác về nhân vật chính tên là Cem – một chàng trai ôm mộng văn chương sống với mẹ ở Istanbul. Cha anh là một dược sĩ trung lưu nhưng cũng là một nhà hoạt động cánh tả, sau thời gian ngoại tình và vào tù ra tội vì những hoạt động chính trị, cuối cùng vĩnh viễn rời khỏi gia đình và tìm duyên mới. Chàng trai Cem vì áp lực tài chính đã nhận công việc đào giếng tại trong Öngören, một thị trấn nhỏ từ Istanbul cách 30 dặm. Anh coi thầy Mahmut như cha để bù lấp cho sự thiếu vắng một hình mẫu người cha lý tưởng trong đời. Hè năm đó là quãng thời gian mang tính chất bản lề của cậu thanh niên nhiều hoài bão.
Thầy Mahmut rõ ràng là người thuộc về thế giới cổ sơ, của xã hội truyền thống. Ông thuộc số những người cuối cùng thực hành cái nghệ thuật đã tồn tại hàng ngàn năm: nghệ thuật đào giếng. Ông cũng như người xưa đoán định nơi đào giếng bằng trực giác, ông biết lắng nghe đất với sự khiêm cung nhất mực, ý thức rằng khơi lên một mạch nước ngầm chính là khơi nguồn văn minh, như từ ngàn xưa đã như thế. Thầy Mahmut dạy chàng trai trẻ, thay vì vươn lên bầu trời xanh với những đêm sao lấp lánh, có thể lặn sâu vào lòng đất để tìm về minh triết cổ xưa. Sự thật có thể ẩn khuất trong bóng tối, ta có thể thấy được thiên cầu của Thượng đế và những thiên thần trong lòng đất thẳm.
Dĩ nhiên, công việc đào giếng là công việc nặng nhọc và nguy hiểm vô cùng. Cem đã nản lòng dần qua từng xô đất nặng khi mãi chẳng thấy nước đâu. Mỗi đêm, dưới bầu trời sao, khi hai thầy trò nằm dỗ giấc, họ kể cho nhau nghe những câu chuyện cổ. “Hầu hết những chuyện thầy Mahmut kể đều lấy từ kinh Koran” (minh triết phương Đông) để uốn nắn Cem, Cem thì “trả đũa” thầy bằng những câu chuyện Hy Lạp cổ (minh triết phương Tây) trong đó có câu chuyện của vua Oedipus. Vị vua đã không thể tránh khỏi lời tiên tri khủng khiếp: giết cha, cưới mẹ ruột, cuối cùng Oedipus đã tự móc mắt mình ra, bỏ kinh thành đi tìm một thế giới khác. Những câu chuyện muôn năm cũ ấy đã ứng nghiệm lên cuộc đời của Cem một cách lạ kỳ, không ai có thể lý giải tại sao. Đó dường như là những mô thức cổ của vũ trụ, đi tìm những hình hài mới trong dòng chảy vô tận của thời gian.
Câu chuyện cha giết con, con giết cha xa xưa này đã đi tìm những lốt vỏ mới trong cuộc đời của Cem. Bị nàng tóc đỏ quyến rũ, Cem đã ái ân với nàng. Sau đó, vì ghen tuông mù quáng hay vì thiếu ngủ mà tai mắt không còn nhạy trước những tín hiệu từ giếng sâu (ai có thể truy vết được tội lỗi?), Cem đã khiến xô đất đá nặng đổ nhào lên vai của thầy Mahmut, anh trốn chạy vì nghĩ mình đã gây ra cái chết của người thầy yêu kính.
Truyền thuyết và hiện tại, biểu tượng và thực tế đan cài với nhau xuyên suốt Nàng tóc đỏ. Những câu chuyện xưa vốn là suối nguồn minh triết của bao thế hệ nay đã bị vùi vào quên lãng. Trong cuốn Tuyết, Orhan Pamuk cũng đã viết: “Nhưng bây giờ, vì đã rơi vào sự phù phép của phương Tây, chúng ta đã quên đi những câu chuyện của chính mình.” Bản thân Pamuk cũng nhận xét rằng các câu chuyện Oedipus và Rostam minh họa các khía cạnh khác nhau của văn hóa phương Tây và phương Đông: câu chuyện của Oedipus ủng hộ chủ nghĩa cá nhân tuyệt đối của phương Tây còn câu chuyện của Rostam nổi bật lên hình ảnh người cha chuyên quyền và độc đoán, đại diện cho thế giới cổ cựu từ chối những cách tân và đổi thay.
Giếng nước chưa được khơi nguồn, Cem đã trốn chạy, nhưng cái u tối của đáy giếng và nỗi dằn vặt vẫn đeo bám anh suốt cuộc đời. Anh đi khắp thế giới để khám phá các bản thảo và những bức tiểu họa thể hiện câu chuyện Rostam giết con trai Sohrab. Cem kết hôn, bỏ mộng làm văn sĩ và trở thành nhà thầu xây dựng. Hai người không có con, cùng chung tay xây dựng một công ty xây dựng của họ với cái tên là Sohrab, nó đã thăng tiến ngoạn mục cùng với những bước phát triển chóng mặt ở Istanbul, khiến Cem trở thành một doanh nhân giàu có và nổi tiếng. Cem giờ đây đã trở thành biểu tượng của Tây phương hóa và chủ nghĩa cá nhân, anh đã bỏ người cha ở lại những giếng nước đào bằng phương pháp truyền thống, chinh phục thế giới ngoài kia với những cỗ máy thần kỳ.
Sohrab mở rộng như một đế chế, Cem quay trở lại thị trấn nhỏ ngoài kia để thu mua những thước đất mới. Anh phát hiện mình đã có một người con trai với nàng tóc đỏ. Người con trai này sẽ chọn ngã rẽ nào giữa hai câu chuyện của Oedipus và Rostam? Cái giếng xưa vẫn nằm đó, nay đã được khơi nguồn, nhưng tội lỗi và hổ thẹn vẫn nằm nguyên dưới đáy, dưới tầng vô thức của tâm trí con người.
“Nhỡ những mảnh sắt và kền mình vẫn tìm thấy dưới giếng là sao băng từ trên trời rơi xuống thì sao?”
Nàng tóc đỏ là tiểu thuyết thể hiện sự giằng dai giữa Đông và Tây, thế tục và thiêng liêng, truyền thống và hiện đại. Istanbul, thành phố yêu dấu và nàng thơ của Orhan Pamuk đã chứng kiến những chuyển tiếp hay có thể nói là đứt gãy này. Cem sau khi vô tình hay hữu ý giết người cha tinh thần, cố gắng quên đi quá khứ tội lỗi, lao vào làm giàu và mở rộng đế chế của mình, đất nông nghiệp xưa nay mọc lên nhiều những nhà máy và kho xưởng, “thảy đều xám xịt và đen như than khi nhìn từ trên không.” Nghề của thầy Mahmut đã trở nên lỗi thời, “những tiến bộ kĩ thuật này dẫn đến nguồn cung cấp nước dồi dào trong các khu xanh tươi ở Istanbul một thời gian, nhưng rồi chẳng mấy chốc các hồ dưới lòng đất và các tầng ngậm nước gần bề mặt nhất cạn khô.” Istanbul và đất dưới chân nó đã bị biến chất và ô nhiễm. Chủ nghĩa cá nhân vị kỷ đã tiếm ngôi những giá trị truyền thống. Người cha Hồi giáo truyền thống (Mahmut) đã bị giết chết bởi đứa con thế tục (Cem). Cải cách diễn ra tại Thổ Nhĩ Kỳ do Kemal đứng đầu thể hiện chính xác những điều này. Mục đích cải cách này là thành lập một nhà nước thế tục, song hành với quá trình hiện đại hóa và dân chủ hóa.
“Người hiện đại lạc trong cái hỗn loạn của thành phố. Theo một cách nào đó thì hắn ta thành không cha. Công cuộc tìm cha của hắn quả là vô ích.” Vì rất có thể hắn đã giết đi người cha của mình trong quá trình trở thành hắn như bây giờ.